Según la Ley para la Protección Integral de Periodistas y Personas Defensoras de los Derechos Humanos del Estado de México, la Coordinación Ejecutiva es la instancia encargada de operar el Mecanismo y de coordinar su funcionamiento con las dependencias y organismos auxiliares de la Administración Pública Estatal, así como con los Poderes Legislativo y Judicial, los municipios y los organismos constitucionales autónomos.
Para el estudio, planificación, organización, trámite y despacho de los asuntos de competencia de la Coordinación Ejecutiva, así como para cumplir con las funciones de control y evaluación correspondientes, la persona titular de la Coordinación Ejecutiva cuenta con las siguientes unidades administrativas:
Unidad de Apoyo Administrativo, Tecnologías de la Información y de Gestión Documental, que tiene como propósito principal: planear, organizar y vigilar el aprovechamiento de los recursos humanos, materiales, financieros y técnicos, necesarios para el funcionamiento de la Coordinación Ejecutiva.
Unidad de Recepción de Casos y Reacción Rápida que tiene como encomienda: ejecutar las gestiones necesarias para que las Medidas Urgentes de Protección sean implementadas en el tiempo establecido por la Ley, así como dar inicio a los procedimientos de incorporación con que cuenta el Mecanismo.
Unidad de Evaluación de Riesgos encargada de: realizar entrevistas a Peticionarios o Beneficiarios de manera periódica, a fin de actualizar datos de contacto y monitorear incidentes de riesgo.
Unidad de Prevención, Seguimiento y Análisis que establece los mecanismos de vinculación y coordinación con los sectores público, académico, social y privado para la prevención, seguimiento y análisis de Agresiones a Personas Periodistas y Defensoras de los Derechos Humanos, además de proponer acciones y políticas públicas en materia de prevención.