El Mecanismo está conformado por tres instancias de acuerdo la Ley para la Protección Integral de Periodistas y personas Defensoras de los Derechos Humanos del Estado de México.
JUNTA DE GOBIERNO
Es la instancia máxima del Mecanismo y tiene por objeto coordinar las acciones de las distintas autoridades en la protección, promoción y garantía de la seguridad de los Periodistas y las Personas Defensoras de Derechos Humanos, así como fomentar las políticas públicas de capacitación y de coordinación interinstitucional en la materia para prevenir acciones que vulneren o amenacen la integridad de dichas personas.
CONSEJO CONSULTIVO
Es el órgano de consulta de la Junta de Gobierno y estará conformado por trece miembros, uno de ellos ocupará la presidencia por un periodo de dos años y se elegirá por mayoría simple de sus miembros.
COORDINACIÓN EJECUTIVA
Es el órgano desconcentrado de la Consejería Jurídica encargado de proteger, promover y garantizar la seguridad de Periodistas y las Personas Defensoras de Derechos Humanos; así como fomentar las políticas públicas de capacitación y de coordinación interinstitucional en la materia para prevenir acciones que vulneren o amenacen la integridad de dichas personas.
La Coordinación Ejecutiva será la instancia responsable de operar el Mecanismo y de coordinar su funcionamiento con las Dependencias y Organismos Auxiliares de la Administración Pública Estatal, los Poderes Legislativo y Judicial, los municipios y los organismos constitucionales autónomos.