La Junta de Gobierno es la instancia máxima del Mecanismo y tiene por objeto coordinar las acciones de las distintas autoridades en la protección, promoción y garantía de la seguridad de los Periodistas y las Personas Defensoras de Derechos Humanos, así como fomentar las políticas públicas de capacitación y de coordinación interinstitucional en la materia para prevenir acciones que vulneren o amenacen la integridad de dichas personas. Las resoluciones que emita la Junta de Gobierno serán obligatorias para las autoridades del Estado de México, cuya intervención sea necesaria para satisfacer las Medidas de Prevención, Medidas Preventivas, Medidas de Protección y Medidas Urgentes de Protección previstas en esta Ley.
Los cargos en la Junta de Gobierno serán de carácter honorífico. Las personas integrantes e invitados del Mecanismo no recibirán pago alguno por su participación en el mismo.